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Cygwin，是Cygnus出品，被Red Hat公司收购，名下的项目，目的为提供运行于windows平台的类Unix环境（以GNU工具为代表）。Cygwin提供了抽象层dll，用于将部分POSIX转换为Windows API调用，目录结构照搬Linux。
MinGW，Minimalist GNU for Windows，用于开发原生（32位）Windows应用的开发环境，包括了gcc，g++等工具。
- MinGW 是让Windows 用户可以用上GNU 工具，比如GCC。
- Cygwin 提供完整的类Unix 环境，Windows 用户不仅可以使用GNU 工具，理论上Linux 上的程序只要用Cygwin 重新编译，就可以在Windows 上运行。
- 如果程序只用到C/C++ 标准库，可以用MinGW 或Cygwin 编译。
- 如果程序还用到了POSIX API，则只能用Cygwin 编译。
- 程序经MinGW 编译后可以直接在Windows 上面运行。
- 程序经Cygwin 编译后运行，需要依赖安装时附带的cygwin1.dll。
MinGW 提供了一套完整的开源编程工具，适用于开发本地 MS-Windows 应用程序，并且不依赖于任何第三方 C-Runtime DLL。(它确实依赖于微软自己提供的一些 DLL，作为操作系统的组件；其中最著名的是 MSVCRT.DLL，微软的 C 运行库。此外，线程应用程序必须随附一个可免费分发的线程支持 DLL（作为 MinGW 本身的一部分提供）。
Cygwin 是
一个工具集合，为 Windows 提供一个 Linux 外观和感觉的环境。
一个 DLL（cygwin1.dll），作为 Linux API 层，提供大量 Linux API 功能。
那么，它不是一个开发环境吗？当然是。它也有用于编译、调试和 make 的 GCC 工具链。它拥有 Linux 中更完整的实用程序集。那么这两者有什么区别呢？
Cygwin 增加了一个 Linux API 层来模拟 Linux 功能。这也包括 POSIX 标准。而 MinGW 则旨在为 Windows 平台提供本地 GCC 编译器。在实用程序方面，Cygwin 试图为你提供一套最完整的 Linux 功能，而 MinGW 则旨在提供简约的 Linux 感觉。下面我们就来谈谈两者的区别：
Cygwin = 让我们把 unix 放到 windows 上，尽可能多地使用本地 unix 的东西
MingW = 让 unix 尽可能远离 windows，使用尽可能多的本地 windows 资源。
如果您使用 MinGW 编译程序，那么生成的二进制文件就可以发布，而无需依赖任何外部 DLL。而使用 Cygwin 编译的程序则需要 cygwin1.dll 才能运行。不过，Cygwin 支持 POSIX，但 MinGW 却不支持。
上述内容取自MinGW and Cygwin - An Introduction and Differences | electroBucket
进行了适量翻译，不一定翻译的对。
Cygwin Installation
MinGW - Minimalist GNU for Windows - Browse Files at SourceForge.net
两个工具在上面链接。
gcc编译选项可以看：
gcc编译选项-o和-c介绍_gcc -o-CSDN博客